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En su villa natal comenzó a estudiar Humanidades y en 1786 marchó a Tarragona para hacer la carrera de Filosofía y Teología en el estudio literario de aquella ciudad, que era parte y ramo de la Universidad de Cervera, y en ella consiguió el doctorado en 1794. Ese mismo año fue nombrado profesor de Filosofía del estudio tarraconense e introdujo en el mismo las matemáticas, disciplina a la que siempre tuvo gran afición. Dos años más tarde fue nombrado rector del seminario tarraconense y en 1802 comenzó a enseñar la Sagrada Escritura, pero interrumpió la docencia muy pronto porque en 1805 fue nombrado canónigo en la colegiata del real sitio de San Ildefonso, de la que era abad su tío Félix Amat, arzobispo titular de Palmira.
Gracias a su proximidad a Madrid hizo amistad con el inglés Cheap, protestante, quien, según se ha dicho, probablemente le puso en contacto con las sociedades bíblicas inglesas. Extinguida la colegiata de San Ildefonso el 15 de junio de 1810, se trasladó a Madrid y durante dos años ejerció la cátedra de Retórica, Filosofía y Matemáticas en los Reales Estudios de San Isidro. Después de la ocupación francesa regresó a Cataluña junto con su tío, fue nombrado sacristán mayor de la Catedral de Barcelona y comenzó a destacar en la predicación con un sermón sobre la paz pronunciado en dicha catedral el 17 de abril de 1817, en el que dio pruebas evidentes de su espíritu conciliador; el 21 de enero de 1819 pronunció el elogio fúnebre en los funerales por la reina Isabel de Braganza, haciendo un elogio de la Monarquía pero evitando la exaltación eufórica que hacían entonces otros predicadores sobre la sacralidad del absolutismo regio.
En 1816 fue admitido como académico correspondiente de la Real Academia de la Historia y de la Academia de las Buenas Letras de Barcelona. Al proclamarse en Barcelona la Constitución liberal de 1820 fue llamado a formar parte de una Junta de siete miembros, que provisionalmente había de suplir a la Diputación provincial hasta que ésta se instalase conforme a las nuevas normas constitucionales. Su actuación moderada hizo que la Junta suprema de censura le nombrara como vocal para la provincia de Cataluña. Aceptada por el Gobierno, pero no por el Papa, la renuncia del obispo Sitjar de Barcelona, el Rey le nombró responsable de la administración de la diócesis, cargo que tuvo que aceptar porque el Gobierno no quiso aceptarle la renuncia. Por ello hubo de contentarse con que se le nombrara vicario general, ya que Sitjar seguía siendo el obispo legítimo de Barcelona. Considerado por el nuncio Giustiniani como simpatizante o declarado regalista-jansenista por querer defender las obras de su tío, puestas en el Índice de Libros Prohibidos, se dedicó al estudio y en 1829 fue nombrado colector de anualidades de la provincia de Cataluña.
Presentado para el episcopado por Fernando VII en el verano de 1833, pocos días antes de su muerte, y superadas algunas dificultades y dudas sobre su pasado, fue preconizado obispo de Astorga el 20 de enero de 1834, cuando el Rey ya había muerto, y consagrado en la Iglesia de San Felipe Neri, de Barcelona, el 1 de mayo de 1834, por el arzobispo de México, José Fonte Hernández. Gregorio XVI le nombró también prelado doméstico y asistente al solio pontificio. Su nombramiento pudo hacerse porque el nuncio Tiberi consideraba a Torres Amat candidato digno, y porque había traducido la Biblia al castellano, una obra meritoria aprobada por el cardenal de Toledo, que difícilmente concedía permiso para imprimir libros; dicha traducción conocería posteriormente numerosas ediciones de parte o de toda la obra acompañadas de notas de diversos autores: Páramo, Ogara, Díaz Monar, A. Tono, Ballester, etc.
Por consiguiente, nada había en contra de él ni tampoco existían excepciones canónicas para excluirlo, aunque no faltaron quienes se opusieron a su promoción al episcopado porque pesaba negativamente sobre su persona la actuación política que había tenido en Barcelona durante el Trienio Liberal (1820-1823); por ello, desde Roma se le exigió una retractación de sus errores; años más tarde la Santa Sede se arrepintió de haberlo nombrado obispo, porque le consideraba el principal jansenista español, que había alcanzado el episcopado por influencias y recomendaciones políticas. Tras tomar posesión fue a ocuparse de los negocios de su diócesis, en los que no pudo continuar mucho tiempo, porque poco después fue llamado a la Real Corte como miembro de la Junta Eclesiástica para el arreglo del culto y clero, presidida por el mencionado arzobispo Fonte.
Coincidió su pontificado con los años agitados de la regencia de María Cristiana y de la minoría de edad de Isabel II, con la primera Guerra Carlista, con la interrupción de relaciones diplomáticas entre la Santa Sede y el Gobierno español y con el intento de cisma de Espartero; en una palabra, con las décadas más complejas de la historia eclesiástica decimonónica en las que gobiernos liberales radicales intentaron desarticular la organización eclesiástica. Como senador por la provincia de Barcelona tomó parte en las Cortes de 1837, habiendo intervenido en varias cuestiones relativas a la Iglesia, y en especial contra los proyectos de reformas eclesiásticas y la conveniencia de reanudar las relaciones del Estado con Roma. Por todas estas actuaciones perdió la confianza de la Santa Sede, que le consideró instrumento del Gobierno para introducir las novedades eclesiásticas consideradas inaceptables. En el informe que presentó al Papa con motivo de la visita ad limina de 1838 denunció los males de la Iglesi a en España, poco o quizá mal conocidos por causa de la exaltación de las pasiones dominantes que ofuscan la razón, aun de personas bien intencionadas; y denunció el fanatismo, superstición e ignorancia de los españoles, causa y origen de las calamidades que sufría la nación.
Terminada la guerra, se dedicó en 1839 a rehabilitar el Seminario de Astorga, que en 1836 había sido convertido en casa-cuartel, dictando disposiciones muy oportunas para su restablecimiento con otras varias medidas para arreglo de su diócesis, consignadas en la pastoral que publicó en marzo de dicho año. Durante su pontificado en Astorga arregló el seminario, que estableció en el hermoso edificio de Santo Toribio. Pudo conocer el primer año del pontificado del beato Pío IX, elegido en junio de 1846, al que saludó como pontífice liberal, del que esperaba reformas saludables y medidas justas y de buen gobierno para la Iglesia. Todo ello, dijo en carta a Pío IX, es un consuelo demasiado fuerte para un alma tan sensible y trabajada como la mía. Así es que viene a costarme este placer muchos ratos de lágrimas. No parece sino que vuelvo a la edad de las ilusiones. Fue una personalidad relevante en el mundo eclesiástico, pero destacó mucho más como escritor pues, además de la traducción de la Biblia, escribió las memorias para un diccionario crítico de escritores catalanes y algunas otras obras menores.
En su villa natal comenzó a estudiar Humanidades y en 1786 marchó a Tarragona para hacer la carrera de Filosofía y Teología en el estudio literario de aquella ciudad, que era parte y ramo de la Universidad de Cervera, y en ella consiguió el doctorado en 1794. Ese mismo año fue nombrado profesor de Filosofía del estudio tarraconense e introdujo en el mismo las matemáticas, disciplina a la que siempre tuvo gran afición. Dos años más tarde fue nombrado rector…...