Pero ellos no entendieron que les hablaba del Padre.
Pero no entendieron que les hablaba del Padre.
Pero ellos seguían sin entender que les hablaba de su Padre.
Ellos no comprendieron que Jesús les hablaba del Padre.
(No comprendieron que les hablaba del Padre.)
Ellos no comprendieron que les estaba hablando del Padre.